В рамках настоящего исследования проводится оценка возможностей использования инструментов анализа панельных данных в процессе выявления скрытых тенденций в исследовании регионального агропромышленного комплекса. В статье рассматриваются ключевые методы и модели пространственно-временного эконометрического анализа, такие как модели пула, модели с фиксированным эффектом и модели со случайным эффектом, которые были применены в анализе агропромышленного потенциала регионов России. На первом этапе работы были построены три модели: модель пула, в предположении отсутствия индивидуальных характеристик экономических объектов; модель с фиксированными эффектами, в которой предполагается наличие неизменных во времени индивидуальных характеристик; модель со случайными эффектами, в которой индивидуальные характеристики являются случайными величинами. На втором этапе исследования проводилась оценка скорректированных коэффициентов детерминации для каждой модели, а также проверка тестов Хаусмана, Бройша-Пагана и теста Вальда. На основании полученных результатов моделирования была определена наилучшая модель, описывающая поведение субъектов Российской Федерации в процессе производства продукции агропромышленного комплекса. В качестве такой модели выступает модель с фиксированным эффектом. Это связано с тем, что факторы, определяющие производство сельхозпродукции, в каждом регионе носят индивидуальный характер и являются стационарными. Проведенный анализ показывает результативность использования инструментов панельных данных в исследовании динамики развития агропромышленного комплекса регионов России. Они позволяют выявить неявные корреляции и скрытые факторы, которые непосредственно в анализе не использовались.